Instrucción formal con detención provisional le fue decretada al expresidente Alfredo Cristiani por el caso penal de la Masacre de Jesuitas en 1989, según la resolución del Juzgado Tercero de Paz de San Salvador.
El juez expuso en la resolución que se debe a que no se presentó al juzgado ni nombró abogados defensores en el proceso. La prisión provisional también se ordenó contra el coronel Inocente Montano, quien fue condenado a 133 años de cárcel en España por este mismo caso; así también para el exdiputado Rodolfo Parker.
Cristiani es acusado de comisión por omisión en el delito de asesinato y encubrimiento.
La hija del exmandatario, Claudia Cristiani, dio a conocer en su cuenta de twitter un pronunciamiento de Cristiani en el que asegura que no hay independencia judicial en El Salvador, por lo que se fue del país y señala que este es un proceso «manipulado».
“El fiscal general, de mala fe y con claro desprecio a la verdad, me ha acusado públicamente de omisión y de encubrimiento. La verdad es que nunca supe de los planes que tenían para cometer esos asesinatos. Nunca me informaron ni me pidieron autorización porque sabían que jamás hubiera autorizado que se hiciera daño al padre Ellacuría o a sus hermanos […] En este momento no ha garantías procesales en El Salvador […] A lo largo de todos estos años, siempre me he sometido a la justicia, y siempre estaré dispuesto a rendir cuentas a la nación, a las víctimas y a la historia, pero no a un proceso judicial manipulado y sin garantías de independencia e imparcialidad”, expuso Cristiani.
Los delitos se adecúan al Código Penal de la época en la que sucedieron los hechos, por lo que algunos de ellos, ya no están en las leyes actuales o reciben otro nombre.
Las víctimas fueron los jesuitas de la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA), Ignacio Ellacuría de Beascoechea, Ignacio Martí Baró, Segundo Montes Mozo, Juan Ramón Moreno Pardo, José Joaquín López López, Armando López Quintana, y sus colaboradoras, Julia Elba Ramos y Celina M., madre e hija; en noviembre de 1989 bajo un operativo militar en el contexto del Conflicto Armado.
