La Comisión de Justicia y Derechos Humanos inició con los estudios para la Ley de Justicia Transicional, relativa a los hechos del Conflicto Armado, luego que fuera declarada inconstitucional la Ley de Amnistía en 2016 y fuera vetada, mas no ratificada la Ley de Reconciliación aprobada por la anterior Asamblea Legislativa.
Según la instancia legislativa, son seis fases las que enfrentarán: el estudio de la sentencia de la Corte Interamericana de Derechos Humanos (Corte IDH) y del veto presidencial, creación de mesa interinstitucional, estructuración de la ley, redacción de artículos de la ley, discusión y emisión de dictamen, conocimiento del dictamen por parte del pleno para su aprobación.
En 2012, la Corte falló contra el Estado y pidió esclarecer las masacres cometidas, junto con medidas de reparación, resarcimiento social e individual y garantías de no repetición; en 2016 la Sala de lo Constitucional declara inconstitucional la Ley de Amnistía y se reabren algunos casos, como la Masacre de El Mozote.
El Procurador para la Defensa de Derechos Humanos, Apolonio Tobar, fue el primer invitado para tratar el tema.
Tobar señaló que la legislatura anterior creó una comisión AdHoc para supuestamente escuchar a las víctimas, pero, ya arrastraba vicios de forma, pues la comisión la componían personas señaladas en violaciones a derechos humanos en la Comisión de la Verdad.
Los diputados de Nuevas Ideas criticaron y cuestionaron a Tobar por las diligencias sobre la ley que fue aprobada por los anteriores diputados, también señalaron que no presentó un anteproyecto de ley.
En 2020, la PDDH remitió a la Asamblea una recopilación de insumos con entrevistas a víctimas y sus peticiones; sin embargo, el proyecto de ley ya había sido aprobada.
El Procurador rechazó la ley y aseguró que esta debía regular el acceso a información, propiciar la investigación, enjuiciamiento, así como el esclarecimiento de la verdad y sanción a responsables de crímenes de lesa humanidad y crímenes de guerra, ocurridas en el conflicto armado.
Según el Procurador, el Parlamento incumplió con los principios planteados por el Máximo Tribunal, pues asegura que contraría la Constitución de la República.
La legislación incumpliría el estándar de la pena y gravedad, lo que es contrario a los derechos de las víctimas, ya que el proceso y la sanción podría depender de la enfermedad o edad de los hechores de los crímenes de lesa humanidad; tampoco contempla la calificación del delito y grado de participación, lo que implicaría impunidad.
La Comisión acordó emitir un recomendable a la PDDH para que trabaje en un anteproyecto de ley para garantizar los derechos a las víctimas, y que lo remita a la Asamblea.